Na območju Puconcev so se začeli evangeličani po času dolgoletnega preganjanja kot prvi na novo in uradno organizirati takoj po izdaji tolerančnega patenta leta 1781. Puconci so postali središče evangeličanov v Prekmurju. Dne 4. avgusta leta 1783 je bila ustanovljena Evangeličanska cerkvena občina Puconci, h kateri je tedaj pripadalo 5600 članov iz več kot 40 vasi. Še pred izgradnjo cerkve so se srečevali v gospodarskem poslopju Jakoba Ferenca - Küharja v Puconcih. Prva uradna Božja služba z prvim krstom je bila 12. oktobra leta 1783.
Temeljni kamen za novo cerkev je bil položen 1. aprila leta 1784, posvečena pa je bila 8. decembra istega leta. Zemljišče za cerkev, šolo in župnišče jim je na prošnjo vernikov podaril grof Battyány. Prostor za pokopališče je podarila grofovska družina Szapary. Stolp cerkve je bil sezidan leta 1795.
Prvi duhovnik Evangeličanske cerkvene občine Puconci je bil duhovnik Balaž Berke.
Leta 1909 je potekala zadnja renovacije cerkve, tako notranjosti kot zunanjosti. Cerkev je tedaj dobila sedanjo podobo.
Posebnost v notranjosti je balkon (kor), ki je brez podpornih stebrov. Baročni oltar je kupljen leta 1784, prižnica je nad oltarjem, kar pomeni, da je pridiga, božja beseda človeku, najpomembnejši del evangeličanskega bogoslužja.
Dvomanualne pnevmatične orgle so iz leta 1856.
